阿里山高山博物館，位於阿里山森林遊樂區內，在「阿里山賓館」的西南方。阿里山原本是一整片的原始森林，面積多達三萬餘公傾。整個山區遍及熱、暖、溫、寒四帶，擁有豐富傲人的樹種，也因此，日本人便在民國元年，於此地設立高山植物博物館，珍藏這些寶貴的天然資源，一直到台灣省林務局接收後，才重新整理、規劃其展示內容。



現在的阿里山高山博物館是一棟木造的紅色建築，收藏了阿里山早期開墾時所使用的器械用具，像是開發初期的集材機模型、阿里山森林遊樂區規畫模型、早期美、英、日所生產的橫切鋸…等等。裡面還有一座迷你型的「吳鳳廟」，旁邊搭建了許多原住民的住屋、集會所、倉庫等精緻的模型，並展出許多日常生活用具，如弓、槍、煙斗、春米木杵、口琴…等等，甚至還看得到古早以前的老式電話。



除了這些原住民的服飾和生活器具之外，館內還陳列著台灣的野山羊、野豬、水鹿、雲豹、山貓等高山動物的剝製標本及生態背景，以及各種鳥類、蛇類、兩棲類的浸液標本。其他像是蝴蝶、昆蟲和高山鼠類、蝙輻等標本，以及阿里山各種高山植物的蠟葉標本也很豐富。除此之外，阿里山的地質、土壤、樹種等標本、模型和圖表也都很齊全，像是阿里山五種主要的樹種：鐵杉、紅檜、臺灣扁柏、臺灣肖楠、巒大杉，在這裡都看得到，而阿里山鐵路沿線的土壤種類、阿里山出土的岩石和化石如海膽、雙殼貝…等，也是一應俱全。